Período Sengoku y el auge de las Escuelas Marciales
Como una legítima sucesión de la tradición de Kashima, y bajo la influencia de la Katori Shintō-ryū (香取神道流), surgió la escuela Kashima Shintō-ryū (鹿島新當流). El fundador de esta escuela, Tsukahara Bokuden (塚原卜伝), fue adoptado en el clan Tsukahara, una rama de la familia Tōbe Kikkawa (ト部吉川氏), que preservaba el arte de la espada de Kashima. Tsukahara Bokuden, quien fue un destacado discípulo de Iizasa (飯笹), aprendió Katori Shintō-ryū a través del clan Tsukahara y organizó el kenjutsu familiar en un sistema formal de escuela marcial. Además, el clan Kikkawa transmitía, junto con el arte de la espada de Kashima, el Chūjō-ryū (中条流) como "otra escuela de kenjutsu", lo cual demuestra que en esa época ya se estudiaban y combinaban múltiples escuelas. A partir de Bokuden, Kashima Shintō-ryū y Katori Shintō-ryū, conocidas como las "Espadas de Kashima y Katori", comenzaron a ejercer una gran influencia en el kenjutsu japonés.
Cien años después del nacimiento de estas escuelas pioneras, surgieron otras escuelas que integraron y refinaron principios de diversas tradiciones para desarrollar una nueva teoría de la espada. Entre estas, destaca la Shinkage-ryū (新陰流), fundada por Kamiizumi Ise no Kami Nobutsuna (上泉伊勢守信綱). En el mokuroku de la escuela Shinkage-ryū que Kamiizumi transmitió a Yagyū Muneyoshi (柳生宗厳), se menciona:
"En la antigüedad existieron las escuelas Nen-ryū (念流), Shintō-ryū (新当流) y Kage-ryū (陰流), entre otras innumerables. Yo he perfeccionado los secretos de estas escuelas y he extraído lo más curioso del Kage-ryū para denominarla Shinkage-ryū".
Esto muestra que Kamiizumi estudió Nen-ryū y Shintō-ryū, y posteriormente aprendió Kage-ryū, siendo esta última una influencia clave en la creación de Shinkage-ryū.
Desde Kamiizumi, se desarrollaron diversas escuelas derivadas de Shinkage-ryū a través de sus discípulos, como Yagyū Muneyoshi, quien fundó Yagyū Shinkage-ryū (柳生新陰流); Marume Kurando (丸目蔵人), quien estableció Taisha-ryū (タイ捨流); y Hikida Bungo (疋田文吾), quien fundó Hikida Kage-ryū (疋田陰流). Estas escuelas se convirtieron en un importante movimiento en el kenjutsu. En particular, la Yagyū Shinkage-ryū, transmitida por Yagyū Muneyoshi como la línea legítima de Shinkage-ryū, se estableció en el dominio de Yagyū no Shō (柳生の庄) y, con Yagyū Tajima no Kami Munenori (柳生但馬守宗矩), se convirtió en la escuela oficial de la familia Tokugawa. Más adelante, su nieto Hōgyūke (兵庫助利厳), criado y educado por Muneyoshi, sirvió a Tokugawa Yoshinao (徳川家直), fundador del linaje de los Tokugawa de Owari, transmitiendo el linaje en la familia Owari Yagyū (尾州柳生家).
Durante este período, Muneyoshi desarrolló una relación cercana con Konparu Zenchiku (金春禅竹), yerno de Zeami (世阿弥) y maestro de teatro nō. En este intercambio, Muneyoshi incorporó secretos del teatro nō en su kenjutsu, desarrollando una profunda teoría de la espada. De esta manera, el kenjutsu integró elementos de otras disciplinas artísticas, pasando de ser una técnica de combate a un camino de desarrollo del espíritu y una guía de vida. En este sentido, Shinkage-ryū representa el inicio de la transformación de las artes marciales en un arte elevado o "bujutsu" que trasciende el propio combate.